Les cantons subdivisent leur territoire en secteurs de protection des eaux, y distinguent ceux qui sont « particulièrement menacés », délimitent les zones et les périmètres de protection des eaux souterraines et établissent les cartes de protection des eaux correspondantes. Ils s’appuient pour ce faire sur les informations hydrogéologiques disponibles ou, si celles-ci ne suffisent pas, font procéder aux investigations complémentaires nécessaires.

Les catégories de protection des eaux sont définies avec des objectifs de protection spécifiques (LEaux : articles 19, 20 et 21 / OEaux : articles 29, 30 et Annexe 4 ch.11).

Secteurs particulièrement menacés (Au, Ao, S, Zu,…)

En dehors des zones S de protection des eaux, très vulnérables, destinées à protéger les captages d'intérêt public, l’ensemble du territoire est subdivisé en secteurs de protection des eaux. Les secteurs particulièrement menacés nécessitent pour bon nombres d’ouvrages et d’activités, des autorisations spéciales cantonales du point de vue de la protection des eaux souterraines. Les secteurs sont déterminés par l’hydrogéologue cantonal en fonction de la présence de ressources à protéger et permettent de planifier, de coordonner et d'appliquer les dispositions légales en matière de protection des eaux souterraines. Ils sont soumis à l’approbation du Conseil d’Etat.

Les secteurs Au déterminent les nappes souterraines qui doivent être protégées et couvrent une grande partie du territoire. Le secteur üB détermine les endroits où il n’y a pas d’enjeux particuliers et où seuls les principes généraux de protection des eaux s’appliquent (devoir de diligence, interdiction de polluer, etc.).

Zones S de protection des eaux (S1, S2, S3, Sh et Sm)

Les zones S de protection des eaux (S1, S2, S3, Sh et Sm) visent à protéger les eaux souterraines qui alimentent directement des captages, juste avant leur utilisation comme eau potable. Elles sont délimitées autour des ouvrages d’intérêt public dont l’eau doit respecter les exigences de la législation sur les denrées alimentaires. L’adoption de zones de protection des eaux souterraines correspond à la plus importante des mesures d’organisation du territoire relatives aux eaux souterraines, puisqu’elle visent à la protection directe du consommateur.

Les zones S1 (de captage), S2 (rapprochée) et S3 (éloignée) sont définies en fonction de la connaissance des conditions d’alimentation de chaque captage. Le terme vient de l’allemand Schutzzone. Elles permettent de protéger les eaux captées contre des pollutions bactériologiques et d’atténuer les conséquences en cas de déversement accidentel de polluants.